バックアップサービスでは、オープンファイルもバックアップされますか？

オープンファイルが存在してもバックアップは取得可能ですが、そのバックアップ対象ファイルがロックされていた場合は、バックアップに失敗します。

なお、バックアップ取得時は不要なサービスを停止するなど、安全な静止点を確保ください。
参考：詳細情報 – バックアップ – 制約事項