Managed Firewallは、共通機能プールにて提供されるNTPサーバーと同期されていますか？

いいえ。Managed Firewallは共通機能プールにて提供されるNTPサーバーとは別の、サービス基盤上のNTPサーバーと同期しています。

従って、Managed Firewallと、共通機能プールにて提供されるNTPサーバーと同期している他のリソース（サーバーインスタンスやベアメタルサーバー）との間で、時刻がずれる可能性は全く無いとは言えませんが、実用上は問題ありません。