Smart Data Platform環境でOracle Enterprise Manager Cloud Controlを利用する際の制約事項は、何かありますか。

いいえ。Oracle Enterprise Manager Cloud Control（以下、EMCCと略）利用にあたり、Smart Data Platformとして特に制限はございません。

ただし、EMCC利用には、リポジトリ用のDBとして、Oracle Database Enterprise Edition(EE)が必須ですので、Oracle Database Standard Edition 2(SE2)をリポジトリとして使用できません。
よって、別途EEをインストールするか、別途サーバーを準備して、EEをインストールする必要があります。

なお、上記のEEライセンスに関しては、EMCCのリポジトリ利用の場合は、DBがシングルインスタンスの場合にのみ、ライセンス購入が免除されます。
ただし、RACやData Guardを構成した場合は、追加ライセンスの購入が必要となります。
詳細は、以下のドキュメントをご確認ください。

Oracle Enterprise Managerライセンス情報ユーザー・マニュアル
12c リリース5 (12.1.0.5)
1.5 Enterprise Managerの使用制限付きライセンス

Oracle Enterprise Managerライセンス情報ユーザー・マニュアル
13cリリース2
Enterprise Managerの使用制限付きライセンス