バックアップ取得時にcommvault agentがファイル/フォルダへアクセスする際に使用するOS上のユーザ名を教えてください。

Windowsの場合は、NT AUTHORITY\LOCAL SYSTEMとなります。
一般にローカルシステムアカウントと呼ばれるもので、Commvaultのサービスを起動しているアカウントと同一となります。

Linuxの場合は、rootとなります。
ただし、インストール時に明示的に変更したり、sudoしていなかった場合を除きます。