OSを停止した状態で、バックアップを取得することはできますか？

いいえ。OSを停止した状態でバックアップを取得することはできません。
バックアップを取得するためには、バックアップのエージェントが起動していることが必要であるためです。

なお、バックアップ取得中にデータ更新が発生すると、バックアップデータの整合性が失われてしまう可能性があります。お客さま側で安全な静止点を確保してからバックアップを取得するようにして下さい。

参考：詳細情報 – バックアップ – 制約事項
（抜粋）
バックアップ対象サーバーが起動していない、対象サーバー上でエージェントが停止している、バックアップ対象サーバーに不具合が発生している等の事象が発生している場合、バックアップが取得できません。バックアップの取得状況はポータルから確認し、取得できていない場合は必要に応じて復旧処理を実施してください。