ロジカルネットワークの「許可されたアドレスのペア」の設定において、同じ仮想IPアドレスに対して、2つの異なる仮想MACアドレスを指定した場合、冗長化の設定は正常に動作しますか？

いいえ、冗長化の設定は正常に動作しません。
冗長化のために同一IPアドレスを複数のポートで利用したい場合、冗長化したい全てのポートの「許可されたアドレスのペア（Allowed Address Pair）」項目に、同じ仮想IPアドレス・同じ仮想MACアドレスを登録してください。
本設定を実施しない場合、仮想IPアドレス宛てに正しく通信が出来ません。
参考：詳細情報 – ロジカルネットワーク – リソースアドレス管理機能