インボイス対応の適格請求書はドコモ役務分はMy docomoから、Com役務分はビリングステーションからダウンロードと、2つに分かれる理解でよろしいでしょうか？

ご認識のとおりです。適格請求書はドコモ役務分とCom役務分で2つに分かれており、ドコモ役務分はMy docomoまたはご利用料金管理サービスから、Com役務分はビリングステーションからダウンロード可能です。