ルートディスクに追加ボリュームが接続されている状態のインスタンスにおいて、ルートディスク部分のみ指定してシステムバックアップをとることはできますか？

バックアップローカル/ダブル保管, 運用

2017年11月30日 (2021年5月2日:更新）

いいえ。ルートディスク部分のみ指定してシステムバックアップするような設定はできません。
システムリストアするためには、ドライブを絞り込まずにバックアップする必要があります。