システムリストアの場合、リストア先のVMをバックアップデータで丸ごと上書きできますか？

丸ごと上書きしたVMを作りたい場合は、フルシステムリストア完了後のOS 再起動時、grub menuのkernel選択画面で、FSR_<カーネルファイル名>を選択した上で、OSを起動してください。

フルシステムリストアの仕様として、vda1を/mntにマウントした上で、/mntに全てのバックアップデータをリストアします。
その後、grub menuのkernelの選択でFSR_<カーネルファイル名>を選ぶと、vda1が/にマウントされてOSが起動し、最終的にお客様がバックアップを取得した時と同様の構成でOSが起動されます。

参考：チュートリアル – リストアのご利用方法
‘リストア完了後、Webコンソールを立ち上げたのちに、サーバーを再起動します。
起動時にWebコンソールのブートOS選択画面で↑↓キーを利用して
「FSR_<カーネルファイル名>」を選択して起動してください。