システム定義のIPリストは、自動的にセキュリティポリシーへ適用されますか？

いいえ。システム定義のIPリスト（system_defined_ntt_threat_ipv4等）は、セキュリティポリシールール内で明示的に指定した場合に利用されます。
そのため、対象のシステム定義リストをポリシールールに指定していない場合、そのリストは通信制御には利用されません。